Que tal
castrovega7,
Teniendo en cuenta lo que es un modulo en Zend 1.x es una cuestión de preferencias, personalmente lo separaría por modulo(sin tener en cuenta el contexto talves en el de tu app tenga mas sentido un modulo aparte).
Cita: En caso, de crear un nuevo módulo, qué estructura de ficheros debería tener?
Independientemente del fin del modulo siempre deberia tener la estructura estándar
http://framework.zend.com/manual/en/...r.introduction
Saludos.