La fragmentación es un problema de diseño, no sé qué clase de respuesta estás esperando. Necesitas documentación?. Si es así puedes empezar por aquí:
http://carlosjacobo.wordpress.com/fragmentacion/. Si necesitas soporte o asistencia técnica te recomiendo contratarla directamente en MySQL. Este tema es un poco extenso y complejo para este foro, salu2