Eso es lo recomendable, copias el código que ya tienes dentro del <head> y lo pones en un archivo de extensión .js (en tu caso en lacarpeta include por lo que veo) y lo incluyes los <head> así:
Código:
<script type="text/javascript" src="include/funciones.js"></script>
Luego en el código HTML cuando llames a las funciones el navegador las va a buscar dentro de ese fichero.
Saludos.