Hola, tocar el core de WordPress para hacer eso no parece lo más adecuado, ¿qué pasa con las actualizaciones? perderás el parche con cada una de ellas.
Para hacer ese tipo de cambios es más conveniente usar funciones o filtros en el archivo functions.php del tema, el cual actúa como un plugin.
No he necesitado mucho tiempo para encontrar por Google este
código que sirve para excluir categorías del widget.
Código:
<?php
function exclude_widget_categories($args){
$exclude = "3,6,18"; // The IDs of the excluding categories
$args["exclude"] = $exclude;
return $args;
}
add_filter("widget_categories_args","exclude_widget_categories");
?>