hacé esta modificacion en .htaccess
Código Apache:
Ver originalOptions +indexes +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(en|es)/(.*)$ /$2.php?lang=$1 [L]
A mi me sale, me funciona y desde ya que NO estoy usando wordpress
Demo
http://mr2.emprear.com 