Pondre un ejemplo para cifrar una variable llamada password, que es lo que te pasa el usuario en texto plano en el campo login:
Código PHP:
String password_cifrado = BCrypt.hashpw(password_entrada, BCrypt.gensalt());
//El siguiente paso sería almacenar en la bd ese password ya cifrado
Todo eso teniendo el archivo BCrypt o bien en el mismo paquete o importado. Puedes echarle un vistazo a sus funciones para ver lo que hacen, y las excepciones que pueden dar.
Para comprobar si el password (en texto plano, sin cifrar) coincide con el password cifrado en la bd:
Código PHP:
//El primer argumento es el texto plano que te pasa el usuario, y el segundo es lo que recuperas de la bd.
boolean test = checkpw(password_sin_cifrar, password_recuperado);
if(test)
//Si el password introducido es correcto...
Un poco de historia del algoritmo blowfish (BCrypt es la implementación de este algoritmo) que nunca viene mal:
http://es.wikipedia.org/wiki/Blowfish