Creo que más bien depende de lo que tu hosting te de. En el que tengo alojado mi Blog, por cada dominio te crea un espacio, pero los subdominios si te los crea dentro del dominio principal.
En cuanto a ponerlos en el root del hosting, si vas a tener varios es mejor organizarlos por carpetas, osea, si tienes un dominio principal y varios subdominios, sería algo así, partiendo de la carpeta raíz del host...
Cita: html_public/misitio
html_public/dominio1.misitio
html_public/dominio2.misitio
Luego configuras en el setting de cada instalación para que reconozca la instalación y el dominio de cada una respectivamente, mira en el primer link que te pasé.
Saludos.