Buenas, ya lo tengo solucionado. En un principio una variable delimitada el tamaño total maximo del excel, ahora ya se insertan tantas filas como existan en el excel hasta un maximo de 1048500.
Ahora mismo todo parece funcionar correctamente, lo unico que el excell no incluye los campos, muestra el siguiente mensaje "Can't create temporary file.". Entiendo que puede ser por algun permiso en las carpetas del server, tan solo tengo que ver cual es la carpeta que se utiliza de forma temporal para crear el xls.
gracias!