Hola,
veo que creas la consulta después de subir el archivo, pero no la ejecutas.
Añada mysql_query después de la consulta.
Código PHP:
$sql2 = "INSERT INTO nominas (usuario, nombre_nomina, url) VALUES ('$usuario', '$nombre_nomina', '$url')";
if(mysql_query($sql2)) {
echo "registro guardado";
} else {
echo "error al guardar el registro";
}