Lo que estás haciendo es imprimir el mismo string:
Lo que tienes que hacer es
capturar lo que haya entra la etiqueta <a> y el cierre </a> con ( ) e imprimir sólo el string de la captura
TAP1031
Un ejemplo muy básico para que entiendas la idea:
Código PHP:
Ver original<?php
$str ='<td headers="vuelo1" class="col1"><a href="/csee/Satellite/infovuelos/es/Detalle.html?accion=detalle&company_code=TAP&dia=20120229&hora_prev=2012-02-29+11%3A40&ncia=TAP&numBusqueda=TAP1031&nvuelo=1031&ordenacionBack=hprevisto&origin=BCN&originBack=BCN&originBusqueda=BCN&strVuelo=TAP1031" title="sds">TAP1031</a></td>';
preg_match('@<td headers="vuelo1" class="col1"><a href=".*">(.*?)</a>@is', $str, $m);
echo $m[1]; //TAP1031
Saludos.