Consulta envio de formulario plz

[repara2]

Es dificil decirte sin ver el resultado de las querys, pero igual tienes un par de errores:
1. Repites los nombres de las variables en los if y los while anidados, esto no puede funcionar. Por ej. $rowEmp, linea 24 y linea 42.
2. Te conectas a la db 3 veces, aunque la primera parece ser una db diferente.

Creo que todo pasa por el punto 1. Utiliza un IDE como Eclipse para que te marque las variables repetidas. Saludos