Por lo general el orden no importa. pero estas lineas deben estar en este orden(en tu caso esta bien, es solo para que lo tengas en cuenta)
Código INI:
Ver originalresources.frontController.controllerDirectory = APPLICATION_PATH "/controllers"
resources.frontController.moduleDirectory = APPLICATION_PATH "/modules"
y creo que el problema es un typo:
Código INI:
Ver originalresources.frontcontroller.defaultmodule = "default"
debe ser
Código INI:
Ver originalresources.frontController.defaultModule = "default"
la c de controller en mayúsculas, la m de module creo que no importa pero es mejor dejarlo como debe ser, prueba y nos comentas.
Saludos.