si lo más seguro es que sea un error de dedo, verifica como están escritos los enlaces
Supongamos el recurso.tipo dentro de /home/public_html/directorio/subdirectorio/
rutas absolutas:
<a href='http://midominio.com/directorio/subdirectorio/recurso.tipo'>link</a>
rutas relativas
<a href='/directorio/subdirectorio/recurso.tipo'>Link colocado en cualquier página</a>
<a href='recurso.tipo'>Link colocado en alguna página que también está dentro de /directorio/subdirectorio/</a>