logo se desplaza

[C2am]

Hola maire
¿Cómo tienes posicionado el logo con respecto a la página?
¿Tienes el logo dentro del div contenedor?
Muestra el html completo que estas usando porque solo muestras el div logo pero no su padre, aunque si no entendí mal lo tienes dentro del "div contenedor".

Para posicionar el logo en forma absoluta, tal como lo estás haciendo, debes indicar con respecto a que lo posicionas. Y eso se logra definiendo al contenedor padre una position que puede ser absolute, relative (la más común) o fixed.
Cuando el padre no tiene definido el posicionamiento (en realidad está definido como static por defecto) el hijo posicionado en forma absoluta lo hace con respecto, en última instancia, a la pantalla, a menos que algún ancestro esté posicionado.

Dado que tienes, o creo que tienes, un contenedor con ancho fijo, no entiendo el porqué posicionar el logo en %. Tal vez la respuesta esté en el resto del código que no muestras.

Saludos

PD: Sirius, el clear:both, funciona como parche para los elementos flotados, no para los posicionados en forma absoluta. Además que poner un div vacío no es la mejor solución, la cual puedes lograr poniéndole al padre que contiene los elementos flotados la propiedad overflow:hidden o auto.

PD2: mi respuesta va dirigida al primer problema planteado, porque veo que haz modificado la position a relative.