La mayoría de los metas que pasas están obsoletos, y en la medida de lo posible, toda información que pueda ser substiuida con el envío de un header, mejor aún (ya sea con .htaccess ó php)
En particular, para Google, podés revisar este artículo
http://www.webmarketingnow.com/tips/...uncovered.html
En cuanto a lo segundo, los buscadores no "leen" tu php. sino el html que este genera, asi que es completamente indistinto usar uno u otro método.
Saludos