escribir los dias que hay entre 2 fechas

[repara2]

Tal y como tienes el código, hay dos selects:

Código PHP:

//calculo SQL entre 2 fechas 
$diasvacas = mysql_query("SELECT TO_DAYS(fechafin) - TO_DAYS(fechaini) FROM vacaciones order by codigo ASC");
 

calcular la diferencia en días, y

Código PHP:

//extraigo info de la sql
$result = mysql_query("SELECT *,DATE_FORMAT(fechaini,'%d/%m/%Y') as fechaini, DATE_FORMAT(fechafin,'%d/%m/%Y') as fechafin  FROM vacaciones order by codigo ASC");
 

para obtener las fechas con formato. Por lo tanto, hay 2 consultas a la DB, para obtener los valores de una y de otra se deben recorrerlas por separado. El error es que tú solo recorres una en la linea:

Código PHP:

while($row=mysql_fetch_array($result))
 

y no haces caso de la anterior, que se guarda en $calcula.

Dado que la información de ambas select viene de la misma tabla, lo lógico sería hacer una select para obtener todos los valores juntos:

Código MySQL:

SELECT V.*, (TO_DAYS(V.fechafin) - TO_DAYS(V.fechaini)) as diff, DATE_FORMAT(V.fechaini,'%d/%m/%Y') as fechaini, DATE_FORMAT(V.fechafin,'%d/%m/%Y') as fechafin FROM vacaciones V order by codigo ASC
 

Ahora una misma select contiene todos los valores y puedes recorrerla en un sólo while(). Si la select te da error es porque mi sintaxis en incorrecta, compruébala en tu cliente mysql.