En teoría la réplica puede recuperar los una vez que se restablezca la comunicación con el maestro.
Tal como tú lo describes:
la base de datos A envia datos a la replica B y la base de datos B envia datos a la replica A
esto no es una definición de replicación, esto es otra cosa. Si realmente funciona como tú dices, entonces la respuesta es no, no puedes "sincronizar" automaticamente pero usar algo como Navicat.
Si lo que tienes es un esquema de replicación maestro-replica como toda la vida, entonces el tema es que hay muchos fallos posibles en el proceso que se deben supervisar. No puedo hacerte una lista de comprobación porque sería muy extensa y además no te serviría de mucho. Casi con seguridad que tus problemas son únicos y los tienes que solucionar tu. Hay una lista de comandos para replicas y maestros que te dan la información que necesitas:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/replication.html
Saludos