duda de mostrar numero de cuantos estan vencidos

[repara2]

El porcentaje es siempre relativo a un valor.
Qué porcentaje quieres obtener? Activos respecto de total, pot ejemplo?
En la misma select puedes hacer el calculo o bien con PHP, si lo haces con una select quedaría así:

Código MySQL:

SELECT
(SELECT COUNT(*) FROM usuarios WHERE creador = {$id} AND fecha_vencimiento=<{$hoy} AND baniado='0' AND eliminado='0') * 100 / (SELECT COUNT(*) FROM usuarios)
AS porcentajeActivos FROM usuarios U;
 

(consulta la sintaxis exacta)

Si lo que no sabes es cómo calcular un porcentaje, entoces mira esto: http://recursostic.educacion.es/desc...orcentajes.htm

Saludos