No creo que afecte en nada, ya que el parser de PHP, lo que hace es primero convertir el código a Bytecode, y ya luego lo ejecuta, por lo que que tenga o no una nueva línea no afecta en nada en cuanto a rendimiento, es lo mismo:
a:
PD también puedes usar el mismo intérprete de PHP para hacer una versión reducida de tu script para que sea más pequeño:
Código:
php -w archivo.php > archivo.min.php
Saludos.