Creo que no haz leído toda la documentación acerca de búsquedas de texto completo, lo que comentas acerca de la longitud de palabras de 3 caracteres o menos es por un parámetro por defecto que tiene el servidor, aunque deberías considerar si realmente quieres hacer esto, de cualquier manera dale un vistazo a esta liga:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...ne-tuning.html
Ahí se muestran algunos puntos que pueden servirte.
Saludos
Leo.