Resuelto!
Mi .js tenía mucho más código del que pasé, pero como no había tenido problema con el resto no pensé que tendría algo que ver. Cambié todo el código para adaptarlo a jQuery y ahora anda perfecto.
Creo que la linea exacta que no leía bien IE era esta:
Código:
document.getElementById("contenedor").style.width=anchoC+"px";
Supongo que por razones de compatibilidad es mejor usar jQuery siempre...??
Muchas gracias por la guía.