Lo primero es asegurarte que tu servidor este pasando los pdf con el content-type adecuado, esto se puede conseguir, creando un .htaccess en la raiz de tu web con el siguiente contenido
Una vez hecho esto, si el plugin de AcrobatReader está bien instalado, el comportamiento por defecto (si no modificaste opciones de los navegadores)debería ser:
IE
Firefox
Opera
Se visualiza el pdf con el plugin de AReader
Chrome
Se visualiza el PDF con el Visor Interno que incorpora Chrome para mostrar archivos pdf, y que viene habilitado en forma predeterminada.
Para verificar el estado del mismo, en la barra de direcciónes tipeas
about:plugins
, vas a ver algo como esto
Chrome PDF Viewer
Inhabilitar
Si lo deshabilitás debería entonces funcionar tambien el AReader en Chrome
Saludos