Publicacion con ClickOnce

[ramirezmario7]

Hola.
Yo trabajo mucho con ClickOnce nunca he tenido ese problema, siempre que actualizo mi aplicacion y genero el nuevo instalador desde los clientes siempre me ide actualizacion y no me saca el problema que comentas.

Yo lo que hago es colocar que las actualizaciones se hagan antes de iniciar la aplicacion, genero el instalador en el servidor o en una carpeta compartida y luego ejecuto la rimera vez en los clientes ese instalador, cuando hago actualizaciones solo cambia la version del software(yo lo coloco la opcion de incrementarce solo) publico en la misma parte y cuando el cliente ejecuta el .exe que tenia le pide actualizacion.

Detallame mas o menos lo que haces a ver en que te puedo ayudar

Una duda, segun lo que leo tu ejecutas el setup nuevo, no has probado abrir el .exe viejo a ver si te pide actualizacion.