11.9.1. Natural Language Full-Text Searches
repasa el manual a ver si te sirve ese "score" que calcula MATCH ... AGAINST
Ese like "%frase%" no es una buena solucion por lo que has visto si la frase cambia de orden no es la misma frase, el like con los % busca la frase exacta con o sin algo delante y detras (ese es el significado de los %).
Intenta tenerla ....