Bueno por mi parte yo soy partidario de
<article>
<section></section>
</article>
Una de las razones más fuertes es por que la etiqueta article puede incluir una etiqueta header y por su parte section también. Así que se volveria un poco recursivo header dentro otro elemento con otro header, idealmente debes aprovechar la semantica de uno a la vez y no todos al mismo tiempo.
Para el tema de la etiqueta nav también he leído bastante que se debe usar solo para la navegación principal de tu sitio, no para secundarias.
Finalmente depende de cada programador en el fondo y con que tipo de proyecto esta trabajando.
Si quieres como ver la maquetación en variados casos te recomiendo un post de mi blog: http://referenteweb.com/html-5-section-cuando-utilizarlo
Saludos