Hola AdvKael:
Hay varios problemas con tu TRIGGER:
Primero, pon entre paréntesis las consultas, para obligar a su ejecución antes de su evaluación.
Segundo, en MySQL no se utiliza (==) para comparar, sólo el (=).
Código:
IF((SELECT COUNT(*) FROM tabla1) = (SELECT COUNT(*) FROM tabla2)) THEN
Haz la prueba y nos comentas.
Saludos
Leo