Consultar prefijo en mysql con php

[Hachikora]

Deberias hacer un substr para sacar los primero 4 dígitos.
$prefijo=substr($numero,0,4);

Despues simplemente harías la consulta en mysql para que te devolvier la emprea correspondiente

Select codigo_empresa from tabla where prefijo=$prefijo

Mas o menos sería algo así.
Un saludo.