Administrar un VPS es igual que administrar un servidor. No creo que haya un manual sobre cómo administrar un sistema Linux, redes, todas las aplicaciones que lleve instaladas (http, mysql, firewalls etc etc )... son muchas cosas para empezar desde cero
Si tienes ganas de estudiar (y mucho) en Internet tienes todo lo que te hace falta.
Por ejemplo:
http://www.centos.org/docs http://dev.mysql.com/doc/ http://php.net/docs.php http://httpd.apache.org/docs/
Sólo espero que no vendas servicios de pago sin contratar un buen administrador de sistemas mientras aprendes todo lo que necesitas.