Asumiendo ( de tu ejemplo) que el contenido del header y footer es estático y podés determinar que valores en porcentajes tenés que asignarles, el sobrante se lo das al contenido
    
Código HTML:
Ver original- <!DOCTYPE html> 
-   
- /*<![CDATA[*/ 
-   
- html, body{ 
- height: 100%; 
- padding: 0; 
- margin: 0; 
- } 
-   
- div{ 
- width: 960px; 
- margin: 0 -480px; 
- left: 50%; 
- position:absolute; 
- overflow: hidden; 
- } 
-   
- #header{ 
- top: 0; 
- height: 15%; 
- } 
-   
- #footer{ 
- bottom: 0; 
- height: 10%; 
- } 
-   
- #contenido{ 
- overflow-y: scroll; 
- height: 75%; 
- /* el top ara contenido = al height del header */ 
- top: 15%; 
- } 
-   
- /*]]>*/ 
- header 
- Lorem ipsum dolor sit amet, longa sustineat in deinde duas horrido in fuerat est 
- footer 
Saludos