actualizado a php 5.3.8 y ahora me sale este mensaje

[repara2]

El error de la base de datos en principio no tiene relación con el Warning.

Warning: Unknown: Your script possibly relies on a session side-effect which existed until PHP 4.2.3. Please be advised that the session extension does not consider global variables as a source of data, unless register_globals is enabled. You can disable this functionality and this warning by setting session.bug_compat_42 or session.bug_compat_warn to off.
Según este aviso, las sessiones no consideran las variables globales como origen valido de datos a no ser que esté habilitada la directiva register_globals. Se puede deshabilitar esta funcionalidad y este mensaje de error desactivando las directivas session.bug_compat_42 or session.bug_compat_warn.
En cualquier caso, te recomiendo que leas las diferencias entre tu versión de PHP anterior y la que has instalado para saber concretamente qué parte de tu código genera el Warning. Además, esto es un Warning, o sea que los scripts siguen funcionando aún con el mensaje.
Saludos,