Hola:
No he usando nunca jsp:plugin para esto, pero según la documentación
http://java.sun.com/products/jsp/tag...ef11.fm12.html el code no lleva delante ningún tipo de apquete (Applets. en tu caso), sino sólo el nombre del fichero.
Si usas <applet>, entonces en code va el nombre de la clase con paquetes pero sin .class al final (code="Applets.appletGraficaBarras", suponiendo que en la clase hayas puesto package Applets;). Si tu clase es un fichero .class suelto, entonces en ../ debes crear un directorio Applets y meter ahí el appletGraficaBarras.class. Si tu clase está dentro de un jar, debes colocar el jar ../ y poner un
<applet code="...." codeBase="..." archive="fichero.jar"
Se bueno.