Hola,
gracias a todos, pero ya lo tengo solucionado!!!
Por si a alguien se le presente alguna vez el mismo problema con ventanas emergentes, dejo a continuación el código que inserté en el body del html del popupwindow:
<body onload="window.focus()">
Funciona a la perfección!!
Aunque estoy segura que también habría habido algún script en java o as para conseguir lo mismo, éste ha sido ideal
Un saludo