Colocar checkboxes sólo a elementos nuevos

[Naahuel]

Espero haber entendido: http://jsbin.com/urayan

Código HTML:

<script type="text/javascript">
jQuery(document).ready(function($){
 
//    function interseccion( texto1 , texto2 ) {
//            array1 = texto1.split(",");
//            $.each(texto2.split(",") , function (ind , valor) {
//                if (array1.indexOf(valor) == -1)
//                    array1.push(valor);
//            });
//        return array1;
//    }
 
//differencia en lugar de interseccion
Array.prototype.diff = function(a) {
    return this.filter(function(i) {return !(a.indexOf(i) > -1);});
};
 
    $("#wpsi_res_submit").click(function() {
        //$( "#sortable" ).empty();                                 // no vaciar!
 
        var input_1 = $('#wpsi_res_img1');                          //almacenar los inputs en variables
        var input_2 = $('#wpsi_res_img2');                          //almacenar los inputs en variables
        
        var valor2 = '';
        
        var val_arr1 = input_1.val().split(',');        //calcular la diferencia
        var val_arr2 = input_2.val().split(',');        //calcular la diferencia
        var inter = val_arr2.diff(val_arr1);            //calcular la diferencia
        
        console.log(inter);                             //debug
        console.log(inter.length);                      //debug
        
        for (i = 0; i < inter.length; i++) {
            //agregar solo los que son nuevos
            $( "#sortable" ).append('<li class="ui-state-default" id="li-' + inter[i] + '">' + inter[i] + ' <input type="checkbox" class="check" id="eliminar-' + inter[i] + '" /><\/li>');
 
            valor2 += inter[i];
 
            if (i < inter.length - 1) {
                valor2 += ',';
            }
        }
 
        input_1.val(input_1.val() + ',' + valor2);                          //en lugar de borrar todo, agregar solo los nuevos
        input_2.val('');
    });
 
    $("#sortable").sortable({
        update: function() {
            var wpsi_pos = [];
            $('#sortable > li').each(function(i) {
                wpsi_pos[i] = $(this).attr('id').replace('li-' , '');
            });
 
            $('#wpsi_res_img1').val(wpsi_pos.toString());
        }
    });
 
    $("#wpsi_res_delete").click(function () {
        $('.check:checked').parent().empty().remove();
            var wpsi_pos2 = [];
            $('#sortable > li').each(function(i) {
                wpsi_pos2[i] = $(this).attr('id').replace('li-' , '');
            });
 
            $('#wpsi_res_img1').val(wpsi_pos2.toString());
 
    });
 
});
</script>
 

Comenté los cambios para que puedas entender lo que hice :P