Puedes elegir el sistema operativo que quieras pero no en todas las situaciones.
Por ejemplo, en linux no podrás usar access o sql server...
Pero si es una página sencilla o con bases de datos compatibles no habrá problema
Linux es más bueno, más robusto, más fiable, más rápido y MÁS BARATO!!!!!!!!!!
Así que si cumples los requisitos te recomiendo que uses linux. Recuerda que da lo mismo que tu página la hayas hecho con windows, funcionará igual en las 2 plataformas.
Saludos
