Hola. Porque estás flotando mal las cajas.
Cada grupo de columnas (divs a los que aplicas la propiedad float) debe tener su contenedor, al cual aplicas overflow:hidden; a esto se conoce como limpiar los float y lo muestran en detalle en este link
http://www.librosweb.es/css/capitulo..._flotante.html
Saludos.
pd: fijate que hay un <select> en el editor que dice "Highlight" sirve para resaltar código. Probablemente si lo usas menos personas ignoren tu tema .