Lo que yo haria sería formatear la parición donde tienes el 2000, pero lo q debes hacer es restaurar el sector de arranque de la partición activa. Para ello
crea un disco de inicio desde Agregar o quitar programas / Disco de inicio.
Reinicia el ordenador con el disquete y escribe SYS C:
Así ya no te aparecerá el menú de Windows 2000.
No se si es lo q me pides, pero yo lo haría asi... FOrmateo y restauración del sector de arranque.
Espero que te sirva
ARiYo!