Holas,
En el archivo file.php, cuando recibas el nombre del archivo o el valor de la variable file, tiene que estar con url_encode, y esto lo puedes formatear desde donde imprimes el link o sino en el file.php reemplaza los espacios por un "_" o sino "-":
Código PHP:
Ver original$file = $_GET['file'];
....
....
header ("Content-Disposition: attachment; filename=".$nombreFile);
Saludos