Pues sí, parece extraño... la razón por la que lo hace no te la puedo decir, pues no veo nada raro, aunque te muestro el código que yo manejo y que no da este problema:
Código PHP:
Ver original header("Expires: Sat, 26 Jul 1997 05:00:00 GMT"); header("Cache-Control: must-revalidate, post-check=0, pre-check=0"); header("Cache-Control: private",false); header("Content-Description: File Transfer"); header("Content-Type: application/force-download"); header("Content-Disposition: attachment; filename=".$fil);
por cierto, si este es tu código final, deberías considerar validar el tipo de archivos que pueden descargar, ya que sin validar, podrían descargar tu código de la base de datos o cualquier cosa.