En primer lugar supongo, porque no lo aclarás, que tus 2 dominios tienen la misma raiz, es decir que los nombres de las carpetas a excluir son comunes
en ese caso es necesario crear una condición previa a la regla
Código Apache:
Ver originalRewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/descargas|/documentos)
RewriteRule ^(.*) http://www.dominio2.es/$1 [L,R=301]
Es decir que (en el ejemplo te lo hice para múltiples carpetas, podés agregar más separándolas por el signo de canalizacion |), que si la solicitud NO (!) comienza por
/descargas ó (|) /documentos, se ejecute la regla.
Saludos