Mi pagerank y paginas indexadas por google

[chilypu]

es que para google www.mipagina.com y www.mipagina.com/index.php son dos páginas diferentes. El no tener PR en la segunda no debería preocuparte, preocúpate de que solo una de ellas (mipagina.com/index.php; mipagina.com; www.mipagina.com/index.php; www.mipagina.com ) sea vista por google como la importante o principal. Usa la canonical tag para ello.

Además es lógico que si tú has conseguido links para mi www.mipágina.com y no para www.mipagina.com/index.php la que tenga PR es la primera, que es la que tiene links entrantes

Con respecto a la indexación, asegúrate de que tus páginas están bien linkadas desde la principal, siguiendo una arquitectura de URL lo más sencilla posible. una buena estructura de links internos debería ser suficiente para que se indexen (Si le consigues unos cuantos links externos pues mejor que mejor)

Página--> página de categoría --> página de contenido