Holas,
Tal vez con una simple busqueda en el foro en general podrias tener una mejor recoleccion de varias experiencias y temas tratados y que es en este caso con PHP; la mejor forma (creo yo) de tener mas seguridad en tus script es con la practica, respetando patrones de programacion, programando con las buenas practicas. Por ejemplo existen frameworks que trabaja en esos temas por ejemplo de validaciones, permisos, tipos de archivo, funciones, etc. son detalles que ya otros trabajan, una comunidad trabajando en ello, pero no quiere decir que se sepa sino para tomar de referencia.
Ejemplos, manueles, tutoriales, links, etc. en google los encuentras en muchisimos idiomas. Existe una seccion de tutoriales del Foro sobre PHP que creo que puede ayudarnos para empezar.
http://www.forosdelweb.com/f18/aport...as-php-569025/ http://www.forosdelweb.com/f18/indice-faqs-php-108208/ http://www.forosdelweb.com/wiki/Categor%C3%ADa:Manuales http://www.php.net/manual/es/security.php
Saludos