Pues guardas los ficheros o directorios en un array:
Código PHP:
$i = 0
while (false !== ($arch = readdir($gestor))) {
if ($arch != "." && $arch != "..") {
$mis_archivos[$i] = $arch;
$i++;
}
}
// Ordenas el array por orden alfabético:
sort($mis_archivos);
¿Cómo probaste para ordenar el array que no te salió?