Justamente el Rootkit Hunter version 1.3.4... es una script sh para sistemas linux, tendrías que analizar el scan log que te llegó para detrminar dónde encontró posibles fallas a tu seguridad
más datos
http://www.rootkit.nl/projects/rootkit_hunter.html
Lo que habría que saber también es por que tu administrador te envió esa advertencia. Yo te diría que averigues con el Administrador de tu servidor
Saludos