Problema con css y xhtml

[emprear]

Primero, tu menu esta mal anidado, debería ser

Código HTML:

<ul id="menu">
<li>
<a href="http://localhost/ainux/index.php/usuarios">Usuarios</a>     
<ul>
<li><a href="http://localhost/ainux/index.php/usuarios_adm/listar">Listar Usuarios</a></li>
<li><a href="http://localhost/ainux/index.php/usuarios_adm/nuevo">Nuevo Usuario</a></li>
</ul>
</li>
<li>
<a href="http://localhost/ainux/index.php/mensajes">Mensajes</a>     
<ul>
<li><a href="http://localhost/ainux/index.php/ver">ver</a></li>
</ul>
</li>
</ul>
 

Segundo, en tu css, remové los z-index que tenes y a tu menu_superior

#menu_superior{
width:100%;
height:1.65em;
background-color:#333333;
float:left;
position: absolute;
z-index:999;
}

Te recuerdo que z-index sólo funciona sobre un elemento posicionado

SAludos