Bueno con respecto a..
Cita: Una cosa son aplicaciones como las que mencionas donde un usuario crea su base de datos para hacer una cosa concreta y la instala en su servidor
Me refería a los servicios de wordpress o blogger, estos se contratan en los servidores de ellos y me imagino que cuando lo creas te crea una base de datos y una carpeta para ti.
Con respecto a dar una solución genérica, pues con permiso te plantaría una preguntaría más específica y disculpa si es redundante a lo que ya nos explicaste.
Digamos que se tiene una aplicación para empresas, cada empresa tiene sus empleados, clientes y proveedores, ósea que se tiene 1 grupo que son las empresas y 3 subgrupos que son empleados, clientes y proveedores, va con contabilidad y todos los juguetes, esperando unas 10.000 empresas registradas, teniendo en cuenta que a lo largo de 4 años existirá mucha data, según tu experiencia ¿optarías por una sola base de datos bien relacionada o base de datos por empresa?