No lo estas enfocando bien.
Cita: ...asi tener una mayor facillidad a la hora de hacer respaldos ...
No veo esa mejora por ningun lado, tendràs mayor facilidad para los respaldos de una de las opciones (aplicacion-bbdd) pero no para los datos de un usuario (usuario bbdd-maesta + n bbdd segun sus opciones)
Cita: ...tambien asegura que unos no pueden ver datos de otros...
Tampoco veo esa mejora, ya que si un usuario tiene acceso a la bbdd de la opción A sus datos estaran juntos con los de los demas usuarios que tengan acceso a la opcion A, luego,
segun tu razonamiento, podria ver los datos de los demas usuarios con la opción A.
Cita: ...existe la posibilidad de que un usuario pueda ver datos de otro...
Por el punto anterior tampoco se daria este, el control de que cada usuario vea sus datos no debe depender de que esten en bbdd didstintas ni en tablas distintas...
Solo conseguirias un plus de seguridad con una bbdd por usuario, pero eso es totalmente desaconsejable des del punto de vista de mantenimiento, imagina que tienes 100 usuarios y tienes que cambiar algo de la estructura de la bbdd...
Es muy facil que distintas opciones compartan recursos, tu ya as identificado uno la lista de usuarios y opciones de estos, luego la relacion no es ni de aplicacion-bbdd ni aplicacion-tabla. Debes plantertelo como un todo que comparte recursos y crear las tablas que necesites y no repetir aquellas que ya se hayan creado. Este ultimo punto es crucial paramantener la coherencia de todo el sistema, el mantenimiento de los recursos compartidos entre aplicaciones y/o usuarios debe hacerse en un solo lugar, por que qualquier error podria dejar el sistema inconsistente....
Yo te diria una sola base de datos pero claro con lo que nos cuentas es un poco arriesgado, ya que no sabemos que vas a hacer solo puedo rebatir tus argumentos.