A ver, lo que quiero conseguir es que se pueda clickar a través de la zona coloreada con rojo y naranja, que realmente no va pintada de ningún color, sino que es totalmente transparente.
   
 
El código no tiene mucho, el de los logos (son dos, uno para el logo en sí y otro para su sombra):  
Código:
 #logoImage
{
	min-width: 90px;
	position: absolute;
	left: 0px;
	background: url(img/logo.png);
	background-repeat: no-repeat;
	background-size: contain;
	height: 200px;
	width: 10%;
	top: 10px;
	z-index:721;
	image-rendering:optimizeQuality;
}
#logoShadow
{
	min-width: 90px;
	position: absolute;
	left: 0px;
	background: url(img/sombra.png);
	background-repeat: no-repeat;
	background-size: contain;
	height: 220px;
	width: 10%;
	top: 10px;
	z-index:720;
	opacity: .7;
	image-rendering:optimizeQuality;
}
  Y luego está lo siguiente para fijar el menú arriba:  
Código:
 header
{
	-webkit-user-select: none;
	-moz-user-select: none;
	user-select: none;
	height: 53px;
	width:100%;
	top: 0;
	left:0;
	position:fixed;
}