¿Cuánto pesa el archivo que contiene la tabla de los mensajes?
Lo que pasa es que el PHP tiene un tamaño máximo de archivo que puede subirse, por defecto creo que son 2Mb... Por tanto si tu backup ocupa más lo tendrás que trocear. De ahí que por separado te funcione algo, pero la tabla de los mensajes puede ser muy extensa y quizá se pase de la cantidad prefijada por PHP... y ante eso debes restaurar el backup por trozos.
Saludos
