En el primer caso tienes una sola cadena con el valor "1,2,5,9,36,12,58,13,50", es decir, es un valor único. Sólo te devolverá datos si el ID contiene exactamente toda esa cadena.
En el segundo caso tienes nueve (9) cadenas de texto. Te devolverá datos si ID es igual a cualquiera de ellos.
Las dos formas son incorrectas si ID es numéricos. Los valores numéricos no deben ser comparados con cadenas, sino con secuencias de números:
Esto es porque mezclar números y cadenas obliga a MySQL a realizar conversiones implícitas (de numero a cadena). SI lo intentaras con otros DBMS te daría un error de tipo de dato.