hola,
seria entonces creando otra variable?
Código PHP:
$especie = json_encode($geojson);
echo "<br>" .$especie;
$archivo = fopen("data/especie.json", "w");
fwrite($archivo, $especie);
fclose($archivo);
$valor = json_encode($json);
echo "<br>".$valor;
$valore = fopen("data/valor.json", "r"); //sera solo lectura
fclose($valore);